Muhammad Darwisy lahir di tengah keluarga dan lingkungan abdi dalem yang taat beragama. Kauman, kampung halaman Darwisy, merupakan tempat tinggal para abdi dalem keagamaan (pamethakan) Keraton Yogyakarta. Masa-masa mudanya diisi dengan menimba ilmu kepada banyak ulama di Jawa agar semakin matang dan siap untuk melanjutkan amanat keluarga dan agama.
Muhammad Darwisy lahir dari pasangan K.H. Abu Bakar bin K.H. Sulaiman dan Siti Aminah binti K.H. Ibrahim di Kampung abdi dalem keagamaan Keraton Yogyakarta, Kauman.
Kedua orang tuanya merupakan keturunan dari keluarga abdi dalem Penghulu Keraton Yogyakarta yang bertempat tinggal di Kauman Yogyakarta.
Jamaluddin al-Afghani bersama Muhammad ‘Abduh merupakan pelopor pembaruan Islam. Gagasan dan seruannya dituangkan dalam jurnal berkala al-’Urwah al-Wutsqa yang terbit pada 1880-an. Pada kemudian hari, gagasan ini menginspirasi gerakan pembaruan Islam di penjuru dunia. Berturut-turut bermunculan pula jurnal Islam reformis lain, seperti Al-Manar di Mesir, Al-Imam di Singapura, dan Al-Munir di Padang.