Selepas pulang dari haji pertama, Muhammad Darwisy berubah nama menjadi Ahmad Dahlan. Bukan hanya namanya yang berubah, cara pandangnya terhadap kondisi masyarakat Jawa juga berubah. Ia mulai sadar bahwa pribumi yang sedang terjajah membutuhkan perbaikan. Ahmad Dahlan memulai perjalanan eksplorasi kesadaran tersebut dengan Islam sebagai pijakannya.
Kiai Haji Abu Bakar memberikan modal untuk berdagang batik kepada Ahmad Dahlan dan kakaknya. Modal tersebut sebesar 500 sampai 1000 Gulden
Ahmad Dahlan menikahkan ayahandanya dengan Nyai Raden Nganten Khatib Tengah Haji Muhammad Ma’ruf pada bulan Rajab 1891.
K.H. Abu Bakar wafat pada akhir 1897 dan dimakamkan di Makam Nitikan. Hal ini menandakan pewarisan jabatan Ketib Amin Masjid Gedhe Kauman kepada Ahmad Dahlan.
Setelah mewarisi jabatan sebagai Ketib Amin, Kiai Haji Ahmad Dahlan memiliki otoritas sebagai pemuka agama. Kesempatan ini ia gunakan untuk membangun tradisi musyawarah antarulama.
Musyawarah pada 1898 mengangkat diskusi tentang koreksi arah kiblat. Majelis musyawarah ini dihadiri oleh 15 orang ulama-kiai se-Yogyakarta dan 5 pemuda.
Meskipun musyawarah ini sudah berlangsung dalam waktu lama, hasilnya tetap mengecewakan karena mayoritas ulama menolak pendapat Kiai Haji Ahmad Dahlan.
Lahir anak kedua Ahmad Dahlan-Siti Walidah, yakni Muhammad Siradj.
Akibat dari liberalisme ekonomi Belanda, pabrik gula berkembang pesat dan saling terhubung oleh kereta api.
Jalur Batavia-Surabaya dengan melintasi Jogja-Solo selesai disempurnakan, sejak 1894 via Buitenzorg. Lalu, jalur Semarang-Vorstenlanden dengan melewati Jogja-Solo yang menghabiskan biaya banyak juga baru dibuka.
Terlebih dianggap bahwa pembangunan rel dan terowongan yang menghubungkan Stasiun Jogja-Willem 1 (Ambarawa) menunjukkan perkembangan dalam dunia arsitektur sipil.
Kiai Haji Ahmad Dahlan merombak langgar kidul warisan ayahandanya sesuai dengan arah kiblat di Mekkah, berdasarkan metode perhitungan ilmu geografi.
Penyelarasan kiblat Langgar Kidul oleh Ahmad Dahlan ditentang Kiai Penghulu Cholil Kamaludiningrat. Kiai Penghulu adalah otoritas tertinggi abdi dalem keagamaan Keraton Yogyakarta. Penentangan Kiai Penghulu sampai merobohkan Langgar Kidul.
Selang beberapa bulan Langgar Kidul dibangun kembali dengan bentuk yang lebih kokoh dan dua lantai.
Lahirnya R. Dhurie, putra semata wayang Kiai Haji Ahmad Dahlan dengan R.Ay. Soetidjah Wiydaningrum binti GPH Hadinegoro, janda H. Abdullah.
Kebijakan Politik Etis merupakan wujud pemikiran “balas budi” Belanda yang muncul setelah mereka mengeksploitasi habis-habisan alam dan manusia di Hindia-Belanda. Tiga fokus program Politik Etis ialah pendidikan, irigasi, dan emigrasi.
Salah satu institusi pendidikan tinggi yang muncul adalah STOVIA. Sekolah kedokteran yang bisa dimasuki pribumi.
Kesempatan memasuki pendidikan tinggi berdampak besar bagi kemajuan pribumi. Organisasi pergerakan nasional bernama Budi Utomo dibentuk oleh siswa STOVIA.
Ahmad Dahlan pergi menunaikan haji yang kedua bersama putranya, Muhammad Siradj. Selama haji beliau belajar agama dengan: